En pocos años, ganó prestigio al conducir a los Pumas de la UNAM al Bicampeonato de liga, ganando los torneos Clausura 2004 al vencer por penales 5-4 (marcador golobal 1-1) al Guadalajara el 13 de junio de 2004, jugando como local en CU; y Apertura 2004 tras un global de 3-1 a Monterrey. En su última temporada en el club, disputó muy pocos encuentros (solo ocho de liga) por causa de lesiones. En la temporada 1989-90, alcanza su más alto nivel junto con el club, que impone la marca de 107 goles en una temporada. El 30 de junio, marca uno de los goles con los que México derrota y elimina al anfitrión Ecuador (2-0) en la ronda de semifinales. Hugo Sánchez se retiró formalmente del fútbol jugando un partido amistoso celebrado en su honor con el Real Madrid el 29 de mayo de 1997. El resultado del partido fue Real Madrid 4 – 1 PSG, en el que Hugo marcó tres goles. Fue su hermana, gimnasta olímpica participante en los Juegos Olímpicos de Montreal (Canadá) de 1976, quien le enseñó la tradicional maroma o voltereta con la que solía celebrar sus tantos, siendo participante también Hugo Sánchez de los citados Juegos Olímpicos.
Hugo Sánchez tenía una peculiar manera de celebrar los goles, dando una voltereta cada vez que marcaba. Más tarde, en la temporada 1995-96, fue transferido al equipo austriaco del Linzer A. S. K. de primera división al que arribó de manera polémica ya iniciado el torneo que disputó de manera alternada con en el equipo de F.C. En 1994-95, ficha con el Atlante, en una temporada avivada por la polémica contra el entonces técnico americanista, ex del Real Madrid Leo Beenhakker, con quien se enfrascó en una serie de declaraciones la semana previa al partido en que Atlante venció 4-1 al entonces líder del torneo, las Águilas del América. Su última gran polémica fue en 2013, cuando celebró un gol con el gesto de la ‘quenelle’, considerado antisemita. Con el equipo americanista gana la Copa de Campeones de la Concacaf, venciendo al Alajuelense de Costa Rica, anotando el tanto del triunfo en la gran final. Debuta como seleccionador Mexicano durante la Copa USA, entre el 3 y 11 de junio de 2000, con un equipo compuesto en su mayoría por jugadores de los Pumas de la UNAM (equipo que dirigía en ese entonces) y algunos refuerzos de otros equipos, perdiendo la final ante Estados Unidos, por dos goles a uno.
Ostentó también el récord (compartido con Telmo Zarra) de más goles anotados en una sola temporada, con 38 tantos, logrado en la campaña 1989-1990 (récord luego superado por Cristiano Ronaldo con 41 goles en la temporada 2010-2011, y luego también superado por Lionel Messi con 50 goles en la temporada 2011-2012 ); el mismo año en que se adjudica la Bota de Oro (máximo goleador de todas las ligas europeas), compartida con el futbolista búlgaro Hristo Stoichkov, entonces jugador del PFC CSKA Sofía. Si hace solo dos días se han desatado todo tipo de especulaciones sobre el futuro de Messi, tras las declaraciones de Neymarasegurando que tiene que jugar con su ex compañero la próxima temporada, el director deportivo confesó ayer tras el triunfo ante el Montpellier que se han hecho importantes avances en la renovación de Mbappé, con contrato hasta 2022, estos últimos días. Aun así, el fichaje más caro de esa temporada, el de Zinedine Zidane (103 millones, psg tienda una vez actualizado el IPC) significó multiplicar ‘solo’ por ocho la media del mercado de jugadores de más de un millón de euros. 12:34 horas. Vassilios-Konstantinos Lampropoulos se convierte en el primer fichaje del Deportivo de cara a la próxima temporada.
En la temporada 1992-93, regresa a la liga mexicana de fútbol para jugar con el Club América, debutando el 19 de agosto en el estadio Marte R. Gómez ante los Correcaminos de la UAT, anotando el gol del triunfo. Su deseo es jugar en un equipo que dispute la Champions. Véronique Rabiot ha tensado las conversaciones con el PSG hasta el límite de que se han roto y en el club parisino deciden que no va a volver a jugar porque se niega a renovar. El PSG lidera la serie con diez puntos, uno más que el Barcelona, que deberá recibir en el Camp Nou al cuadro francés e intentará vengarse de la derrota en el París. Hizo su aparición número 100 para el club el 15 de julio, en una victoria por 3-1 en casa sobre el Parma, por Serie A. Días más tardes la leyenda del club e histórico capitán del Milan, Paolo Maldini, le entregó un reconocimiento por sus 100 partidos con la casaca del milan.
Pero no solo Nkunku ha salido en busca de minutos: hasta 12 jugadores han abandonado París desde el verano de 2017 por algo más de 100 millones de euros. Después de la eliminación del conjunto tricolor en penales frente a la selección de Alemania, Hugo no disputaría otro juego oficial con la selección hasta 1993, no solo por el ya mencionado dato de la inexistencia de las «fechas FIFA», sino por la descalificación de México de toda competencia internacional a causa del escándalo de los «los cachirules», por lo cual no pudo disputar, no solo el Mundial de Italia 1990, sino que ni siquiera las eliminatorias previstas para 1989, hecho que se produce en el mejor momento de su carrera. Fue el máximo goleador extranjero de la Primera División de España durante más de veinte años hasta que el 23 de marzo de 2014 fue sobrepasado por Lionel Messi. Por su cuenta, Hugo consigue también la Bota de Oro como máximo goleador de liga en Europa y además empata el récord de Telmo Zarra de más goles anotados en una temporada con 38. Su máxima cuota de goles en España, la consigue dentro de la ronda de octavos de final de la Copa de Campeones de Europa 1990-91, anotando 4 goles en la goleada 9-1 sobre el FC Swarovski Tirol.